FreeFileSync dient dem Synchronisieren von Verzeichnissen. Das Programm vergleicht alle Dateien zweier Ordner und zeigt ihnen fehlende oder unterschiedliche Dateien an. Dabei kann ein Vergleich nach Datum / Dateigröße oder auch Datei-Inhalt durchgeführt werden. Filter für Datei-Endung oder -Name lassen sich einstellen. Per Mausklick erfolgt ein Abgleich alle unterschiedlichen oder nicht vorhandenen Dateien in eine Richtung. Dabei unterstützt FreeFileSync auch die Synchronisation auf Netzlaufwerke.